Одним из самых знаменательных в истории молодого города стал 1958 год.
19 августа 1958 года, всего через восемь лет после начала строительства, был пущен первый реактор Горно-химического комбината - АД. 28 августа был подписан акт о его готовности, и ГХК вступил в строй действующих предприятий страны. Второй реактор для наработки плутония-239 - АДЭ-1 был введен в строй всего через три года, 27 июня 1961 года.
В начале 1958 года руководство СССР принимает решение о необходимости массового производства ракет, способных выводить спутник на орбиту и при необходимости доставлять атомную бомбу в любую точку земного шара. Ракеты разрабатывали специалисты Особого конструкторского бюро № 1 под руководством С.П. Королева.
4 июня 1959 года выходит приказ Государственного комитета по оборонной технике об образовании в Красноярске-26 филиала ОКБ-1 под руководством 34-летнего заместителя Королева М.Ф. Решетнева.
9 октября 1959 года состоялся первый визит Хрущева. Первый секретарь побывал в шахте, где к тому времени был запущен первый реактор, и посетил щит управления АД.
В начале 1963 года Хрущев вновь побывал в Красноярске-26. На этот раз он осмотрел цеха "площадки-2" Красмаша, как тогда называли НПО ПМ.
1964 год стал особым в истории города. В январе был осуществлен пуск реактора АДЭ-2 на ГХК, а в августе на орбиту были выведены три спутника "Космос", разработанные в НПО ПМ. В это же время специалистами ГХК и ВНИПИЭТ была разработана и внедрена первая в мире схема использования тепла от реактора АДЭ-2 для теплоснабжения и горячего водоснабжения Красноярска-26. Чадящие внутриквартальные угольные котельные были ликвидированы.
В августе 1979 года Красноярск-26 праздновал свой первый юбилей - 25 лет. 
К юбилейной дате Горсовет утвердил звание "Почетный гражданин Красноярска-26". В этом же году было положено начало строительству первого многоэтажного микрорайона № 3.
27 августа 1988 года в Красноярске-26 был открыт городской музей. Основой первых экспозиций были страницы истории городских предприятий, но по прошествии лет благодаря сотрудникам музея были раскрыты многие неизвестные страницы жизни одного из городов "зеро".
14 июля 1992 года вышел Закон РФ о закрытых административно-территориальных образованиях (ЗАТО), юридически закрепивших существование территорий с расположенными на них военно-промышленными объектами. К числу ЗАТО был отнесен и Красноярск-26.
4 января 1994 года Постановлением правительства "Об официальном названии населенных пунктов ЗАТО" Красноярску-26 было присвоено имя Железногорск, обозначенное еще в Указе Президиума Верховного Совета СССР от 1954 года. В этом же году 28 июля Железногорск посетил Президент России Б.Н. Ельцин.
22 декабря 1996 года в Железногорске был сформирован городской Совет - представительный орган местного самоуправления в количестве 13-ти депутатов.
 23 октября 1997 года был принят Устав ЗАТО, утвердивший равенство двух ветвей власти - городского Совета и администрации.

Железногорск вошел в число 319 моногородов. Модернизация моногородов - одно из этих стратегических направлений, которые в 2016 году выделил Совет по стратегическому развитию и приоритетным проектам при Президенте РФ. Главные задачи: диверсифицировать экономику моногородов, создать условия для привлечения инвестиций и развития бизнеса, новые рабочие места, сделать моногорода комфортными для жизни.
Администрацией ЗАТО г. Железногорск в 2016 году были сформированы пять проектов по благоустройству, разработан проект паспорта программы «Комплексное развитие моногорода ЗАТО Железногорск», которым предусмотрены проекты и мероприятия, планируемые к реализации в 2017-2018гг. Основные направления проекта «Пять шагов благоустройства» - улучшение благоустройства общественных мест отдыха, спортивных объектов, мест общественного питания. Работа проводилась с широким привлечением городского сообщества и позволила выделить направления и объекты, требующие первоочередного внимания.

В 2016 году Железногорск стал победителем первого конкурса ГК «Росатом» среди городов атомной промышленности и получил сертификат на 5 млн рублей. На эту сумму продолжилось строительство пешеходной дорожки вокруг озера, установлены новые детский и спортивный городки в парке, а также создан памятник «Участникам боевых действий - защитникам Отечества».

6 февраля 2018 года подписано постановление Правительства РФ «О создании территории опережающего социально-экономического развития «Железногорск». Документом установлены границы территории и особый правовой режим осуществления предпринимательской деятельности, минимальный объем капитальных вложений резидентов. В ТОР "Железногорск" будет применяться таможенные процедуры свободной таможенной зоны, установленной правом Евразийского экономического союза. Создание инфраструктуры территории опережающего развития будет финансироваться за счёт внебюджетных источников.